Ein wichtiger Punkt bei der Rekonstruktion dieses Werkes von Fischer von Erlach war die Wiederherstellung der von ihm meisterhaft geplanten Lichtführung - der bewusste Gegensatz von himmlischer Transzendenz und irdischer Schwere. Im Laufe der vergangenen Jahrhunderte war die dramatische Beleuchtung des Altares durch mehrere Faktoren verändert worden: den Einbau eines Fernspielwerkes hinter der Orgel und dadurch bedingt die Abdeckung des Oberfensters sowie der ovalen Öffnung im Bogen über der Mittelgruppe mit Holzbrettern und die dunkelfarbige Verglasung des großen Ostfensters.

Durch das Anheben der Weltkugel in Folge der Aufstellung eines versilberten Holztabernakels auf der Mensa und die Verlängerung des Kreuzes nach unten entstand der Eindruck eines auf der Erde stehenden Kreuzes. Damit zusammenhängend war es zu einer inhaltlichen Umdeutung des Bildtypus „Gnadenstuhl" (Hl. Dreifaltigkeit) zu einer Kreuzigungsdarstellung gekommen.

Dem Konzept von Fischer von Erlach entsprechend wurde nun der Globus wieder in seiner ursprünglichen, durch vorhandene Montagevorrichtungen rekonstruierbaren Position montiert, sowie die Verlängerung des Kreuzes entfernt, wodurch die Illusion eines frei schwebenden Kreuzes wieder hergestellt wurde.

Die ursprünglichen, überlebensgroßen Silberfiguren von Maria und Johannes wurden 1701 von den Augsburger Goldschmieden Christoph Rad und Bartholomäus Hößlin um einen Betrag von 18.766 Gulden geliefert. Diese ca. 87kg bzw. 112kg schweren Figuren aus getriebenem Silber mussten im Zuge der Franzosenkriege 1806 eingeschmolzen werden. Sie wurden ein Jahr darauf durch versilberte, klassizistische Holzfiguren ersetzt, die bis heute am Hochaltar stehen. Diese 2 Meter hohen Skulpturen aus Lindenholz wurden durch Carl Maria Stepan gereinigt, die Fassung gefestigt, die teilweise durchgeriebene bzw. oxidierte Silberauflage partiell nachversilbert und die unschöne Mattversilberung stellenweise patiniert, um den kalten aluminiumartigen Farbton der erhaltenen Restaurierfassung von um 1900 etwas zu mildern.

Dem ursprünglichen Entwurf Fischers entsprechend wurden die Skulpturen nun wieder ohne Sockel direkt auf das Steingesims gestellt und mit stabilen Eisenstützen gesichert.

Auch die beiden Silberengel, die bereits 1698 von den Wiener Goldschmieden Johann Kanischbauer und Oktavian Kochgsell geliefert wurden, mussten zum Einschmelzen nach Graz gebracht werden. Als Ersatz waren 1807 versilberte, klassizistische Holzfiguren aufgestellt worden. Deren geringe künstlerische Qualität und die aluminiumartig wirkende Oberfläche standen aber in merkbarem Kontrast zur außerordentlichen Qualität des Altares. Während der Restaurierung wurden im Geistlichen Haus zwei den ursprünglichen Silberengeln ähnliche Adorationsengel gefunden, die aus stilistischen Gründen um 1730/40 zu datieren sind. Nach langen Diskussionen und Abwägen verschiedener Möglichkeiten wurde - um eine Annäherung an die ursprünglichen Intentionen Fischers zu erreichen - entschieden, diese ausdrucksstarken Engel zu versilbern und anstelle der wenig qualitätsvollen, steif wirkenden, klassizistischen Engel am Hochaltar aufzustellen.

Die von Johann Känischbauer 1719 gelieferten aus getriebenem Silberblech gefertigte Christusfigur wurde aus 72 kg Silber gefertigt und misst in der Höhe 2,30 m. Gottvater wurde 1721 geliefert, wiegt 88 kg Silber, und hat eine Höhe von 2,36 m. Die beiden Plastiken sind eine Votivgabe von Kaiser Karl VI im Wert von 15.000 - 20.000 Gulden.

Die Wolken, lebensgroßen Engel, Putten und Puttoköpfchen der Engelsglorie sind aus Lindenholz geschnitzt und mit Blattgold auf rotem Poliment vergoldet. Durch zahlreiche kleine Veränderungen im Laufe von drei Jahrhunderten, sowie einen schwerwiegenden Eingriff im Zuge der Renovierung in den 50er Jahren war die ursprünglich dreidimensionale Anordnung der Glorie verflacht und ihrer Dynamik beraubt worden. Flügel waren vertauscht, Wolken beliebig mit Draht an anderen Wolken befestigt und Strahlen in falscher Ausrichtung montiert worden. Auch die Vergoldung war mehrfach überarbeitet und die Glanz-Matteffekte zur Erhöhung der Plastizität, durch eine fast vollständige Neuvergoldung 1956 missachtet. Darüber hinaus war der ästhetische Gesamteindruck wegen der orangetonigen Farbigkeit der Neuvergoldung ein unbefriedigender.

An der Fertigung des eingelegten Frieses, der Zierleisten, der korinthischen Kapitelle, des Strahlenkranzes und der Säulenbasen aus vergoldetem Kupfer waren zahlreiche Wiener Gold- und Kupferschmiede beteiligt, wobei teilweise arbeitsteilig vorgegangen wurde und beispielsweise die Treibarbeit in Kupfer und die Feuervergoldung von verschiedenen Betrieben ausgeführt wurden. Die Gesamtforderung der Goldschmiede belief sich auf 7.310 Gulden.

Die Oberflächen waren durch oftmaliges unsanftes Reinigen zerstört, in den Ritzen und Spalten zwischen Stein und Metall hatten sich massive Staubgespinste und sandige Klumpen abgelagert. Um die verkrusteten Putzmittelrückstände vor allem in den Hinterschneidungen und Zwischenräumen entfernen zu können, wurden so weit dies möglich war die Einzelteile vom Stein demontiert und sorgfältig gereinigt. Fehlende Teile wurden auf galvanoplastischem Weg ergänzt und vergoldet.

Wie in der gesamten Basilika war auch dieser Bereich von einer dicken, fest haftenden Rußschicht bedeckt und dadurch die Farbwirkung schwer beeinträchtigt. Im Zuge der Restaurierung durch Hubert Schwarz wurden die Oberflächen gereinigt, instabile Bereiche gefestigt und hinterfüllt sowie Fehlstellen gekittet und in "tratteggio" Methode retuschiert.

Wie in der gesamten Basilika wurde auch im Bereich des Hochaltares der originale Steinfussboden 1908 durch einen gemusterten Klinkerboden ersetzt und dadurch die großzügige Wirkung des Altares beeinträchtigt. Auf der Grundlage von historischen Fotos aus dem Ende des 19. Jhts. war eine Rekonstruktion des ursprünglichen schachbrettartig verlegten, schwarzen-weißen Marmorbodens möglich. In Norddeutschland konnten schließlich alte, im Format entsprechenden Steinplatten besorgt werden, die im Hochaltarbereich verlegt wurden.